北極にあるネルフの基地で発掘された第3使徒をエヴァ仮設5号機で倒す、真希波・マリ・イラストリアス。一方、日本には式波・アスカ・ラングレーとエヴァ2号機が到着し、第7使徒を撃滅。そして第8使徒がネルフ本部を襲撃するも、3機のエヴァが連携し迎え撃ち、孤立気味なアスカも仲間の存在に目覚めはじめる。しかしエヴァ3号機が第9使徒に乗っ取られ、迎撃に出たシンジは、その中に乗るのがアスカと知り戦慄する。ゲンドウは初号機の制御をダミーシステムに切り換え、3号機との戦闘を始めた……。
2009年/108分/G